甲鱼性寒，阳虚伯冷的人不宜食用，即使并无明显阳虚，也不宜长期食用。前人告诫说：久食则损人，以其性冷尔。所以，现代营养学研究认为甲鱼主要功能是滋阴，久病体虚、阳虚性冷、胃肠功能虚弱、食欲不振者均应慎用。凡虚胖、胃口不好、孕妇及产后泄泻的人亦不宜食用，以防食后肠胃不适。有资料表明：患慢性胃炎、肾功能不全、活动性肝炎、肝硬化的病人都不宜食用甲鱼及其制品。以免诱发肝昏迷。
甲鱼死后极易变质而不能食用，因此甲鱼必须鲜宰活杀。鉴别活甲鱼的鲜活程度，可将甲鱼仰翻在案上。能够迅速翻身的甲鱼质量最佳，反之则稍次。
